U 22.30 sati 9. svibnja 1992. franjevačku su crkvu sv. Petra i Pavla i njezin zvonik napali iz helikoptera i s brda Huma Jugoslavenska narodna armija i srpske paravojne jedinice napalm bombama. Crkvu su spalili do temelja i teško oštetili zvonik i zvona.
Još u vrijeme ratnih djelovanja fratri su teška srca sklonili ruševine stare crkve, jer je nisu mogli obnoviti, i na njenom mjestu sagradili kriptu te u njoj proslavili Polnoćku 1995. Poslije grade novu crkvu i novi zvonik. Zvonik je visok 107.20 metara. U zvonik su vratili ona »nova« zvona iz 1927. – 1929. I Franjino, i Gospino, i Antino, i Ivanovo i Anđelovo, i onda su nabavili još dva nova zvona. Nova su zvona nabavljena nastojanjem graditelja nove crkve i zvonika fra Ivana Ševe, koji je u vrijeme stradanja crkve bio gvardijan, čuvar sv. Petra i Pavla s drugom braćom samostana.
Dana 9. srpnja 2014. unesena su dva nova zvona u naš zvonik samostanske crkve svetog Petra i Pavla u Mostaru. Sve pripreme i izvedbene radove izvršilo je priznato i poznato građevinsko poduzeće Hering iz Širokog Brijega. Zvona je izradila tvornica Metal Product iz Zagreba.
Na jednom od zvona, teškom 3.100 kg, piše: Fra Leonu P(etroviću), fra Grgi V(asilju), fra Jozi B(encunu), fra Bernardinu S(moljanu), fra Rafi P(rusini), fra Kažimiru B(ebeku) i fra Nenadu P(eharu) – našoj braći pobijenoj u Mostaru 1945. – Zvono teško 3100 kg.
fra Ante Marić, »Zvona i zvonici franjevačke crkve sv. Petra i Pavla u Mostaru«, u: Hercegovina franciscana, XVIII, 16, Mostar, 2022., str. 231. – 235.